Составлять счета-фактуры должны все плательщики НДС, при совершении операций, которые облагаются этим налогом. В том числе, счет-фактура составляется при получении предоплаты.
Что касается организаций или ИП, которые не являются плательщиками НДС (применяют УСН или ПСН), то они в общем случае счета-фактуры не выставляют. Такая обязанность появляется у них в двух ситуациях. Первая — участие в посреднической схеме реализации товаров. Речь идет о ситуации, когда неплательщик НДС от своего имени продает товары контрагента (комитента или принципала), который является плательщиком НДС. И вторая — выполнение роли налогового агента по НДС. Например, при покупке на территории России товаров у иностранной компании, которая не состоит на налоговом учете.
Если неплательщик НДС при обычной реализации добровольно выставит счет-фактуру с выделенной суммой налога, то ему придется заплатить в бюджет эту сумму и сдать декларацию по НДС. При этом пени за нарушение срока уплаты налога в такой ситуации не начисляются.